Кроме растений, посаженных в монастырский период, в Ботаническом саду можно увидеть деревья и кустарники, посаженные заключенными в период Лагерей особого назначения. С 1989 года сотрудниками Соловецкого музея-заповедника проводятся работы по акклиматизации новых видов растений и восстанавливается исторический облик сада.